洪武二十四年（1391年），朱元璋“以江南地薄，颇有迁都之意”，于是派太子朱标巡视关中与洛阳，为迁都作准备。
朱标详细考察了西安和洛阳，比较两地的地形，最终“志欲定都洛阳，归而献图”。
朱标视察返京后不久患病，在生病期间还向太祖上书关于筹建都城的事。
次年朱标病逝，谥号懿文太子。这对年近七十的朱元璋是个沉重的打击，再也没有精力和心情考虑迁都的事情。
朱元璋看到朱标次子朱允炆表现十分孝顺而很喜欢，后来立其为皇太孙。
洪武三十一年闰五月初十（1398年6月24日），朱元璋驾崩于应天皇宫，下遗诏：
朕膺天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。
奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。
今得万物自然之理，其奚哀念之有。
皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。
内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。
丧祭仪物，毋用金玉。
孝陵山川因其故，毋改作。
天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。
诸王临国中，毋至京师。
诸不在令中者，推此令从事。
朱元璋死前密命驸马梅殷（宁国公主之夫）辅佐新君，遗诏命皇太孙朱允炆继位。
朱元璋驾崩几天后，朱允炆于洪武三十一年闰五月十六日（6月30日）即位，改明年为建文元年，是为建文帝。
朱元璋死后葬于紫金山孝陵。
朱元璋死后，他生前规划的政治局面很快被打破。
建文帝即位后采取削藩政策，北平的燕王朱棣打出“靖难”的旗号，起兵反对建文帝。
建文四年（1402年），燕王朱棣取得胜利，在南京称帝，建文帝下落不明。
明初官僚机构沿袭自元朝。
朱元璋进行了改革，在中央废除中书省，明初中书省负责天下政务，其长官为左、右丞相，位高权重，丞相极易与皇帝发生矛盾，明朝时以胡惟庸任丞相后最甚。
胡惟庸势力逐大，威胁皇权，且日益骄横，懈怠政事。
于是，洪武十三年（1380年），朱元璋以图谋不轨之名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，不再设丞相。
在地方废除行省制，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。
在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。
朱元璋高度肯定了法律的治国作用。
他说：“夫法度者，朝廷所以治天下也”。
于是在朱元璋即吴王位时（1364年）就提出“建国之初，先正纲纪”，命左相国李善长等草创律令，编律285条，令145条，到吴元年十二月“甲寅，律令成，命颁行之。”这便是最早拟定颁行的《大明律》。
经过吴元年（1364年）、洪武六年（1373年）、洪武二十二年、洪武三十年四次修订，最终完成了《大明律诰》“刊布中外，令天下知所遵守。”
在具体的治国方面，朱元璋以元末“朝廷暗弱，威福下移”，纲纪败坏，官吏骄恣，从而致使元朝倾覆，顺帝北迁作为教训，立国后采取了“治乱世用重典”的原则。
朱元璋始终认为“胡元以宽而失，朕收中国，非猛不可”。
以此思想作为指导，如在刑名制定方面，明朝对“事关典礼及风俗教化”一类非直接侵犯君主政权的犯罪量刑轻于唐律。
但对“盗贼”及“帑项钱粮”之类直接危及专制统治的重大犯罪量刑则重罪加重，法外用刑，狂诛滥罚，制定了族诛、断手、刖足、阉割为奴、挑筋去膝盖等一系列法外刑。
洪武十五年（1382年），出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力。
锦衣卫是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。
它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑。
朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下。
朱元璋派出大量名为“检校”的特务人员，暗中监视。
但是到了晚年朱元璋逐步废除了锦衣卫及其特权，以及一些比较残酷的刑法。
朱元璋出身贫苦，受贪官污吏的敲诈勒索，又鉴于元朝的政治混乱，故以猛治国。
即位后在全国掀起了“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。
首先，对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。
从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。
其次，明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部中，由于大量留用元朝的旧官吏，以及一些造反起家的功臣他们有恃无恐贪赃枉法，朱元璋对这些官员进行惩处。
第三，朱元璋利用残酷刑法处置贪官，采取“剥皮揎草”、挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。
这种举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。
第四，朱元璋对自己培养的官员决不姑息迁就。
为了培养和提拔新力量，朱元璋专门成立了培养人才的国子监，为没有入仕的年轻读书人提供升迁机会。
他对这些新科进士和监生厚爱有加，还经常教育他们要尽忠至公，不为私利所动。
第五，朱元璋制定整肃贪污的纲领《大诰》和《醒贪简要录》。
《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。
朱元璋下令全国广泛宣传这本书；他还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。
第六，允许民间百姓上访。明朝允许百姓扭送不法官吏。
如果官吏在征收税粮以及摊派差役作弊枉法，百姓可以向上级官吏举报，也可以直接扭送。
不仅如此，对于应当接访而没有接访处理的上级官员，亦要依法论处。
此外，朱元璋在午门外特设“鸣冤鼓”，民间百姓若有冤情在地方讨不回公道，可上京击鼓直接告御状。
朱元璋当政三十一年，先后发起6次大规模肃贪，杀掉贪官污吏15万人。
他“杀尽贪官”运动贯穿始终未减弱，但贪官现象始终未根除，晚年只能发出“朝治而暮犯，暮治而晨亦如之；尸未移而人为继踵，治愈重而犯愈多。”哀叹。
朱元璋是中国历史上勤政的皇帝之一，他从来不惮给自己增加工作量。
从登基到去世，他几乎没有休息过一天。
在遗诏中他说：“三十有一年，忧危积心，日勤不怠。”
在军事上，朱元璋废除了管理全国军事的大都督府，将其分为中、左、前、后、右五军都督府，并和兵部互相牵制。
兵部有权颁发命令，但是不直接统率军队，都督府掌管军队的管理和训练，但是没有调遣军队的权力。这样，军权便集于皇帝之手。
朱元璋还确立了卫所制度，这是他模仿北魏隋唐的府兵制、又吸收元朝军制的某些内容而制定的。
明初朱元璋守御山河的方法，是以巩固自然天险为远猷。
对此明人颇为自诩，宣称“我国家驱逐胡元，混一寰宇，东至辽海，西至酒泉，延袤万里。中间渔阳、上谷、云中、朔、代，以至上郡、北地、灵武、皋兰、河西，山川联络，列镇屯兵，带甲四十万，据大险以制诸夷，全盛极矣”。
这一段话中虽全用秦汉旧名，但洪武朝卫所的全貌勾画得还是比较清楚。
洪武年间，朱元璋置亦集乃旧城、镇番卫、宁夏卫、者者口守御千户所、东胜卫、开平卫、大宁都司、安东卫、吉林船厂。
明军巡逻着“北去不拘几千里”的辽阔疆域。
朱元璋效仿元朝“朔方铁骑纷如蚁”、“西北广莫无一城，控弦百万长横行”的盛况，欲利用漠南养出肥美的牛羊及战马。
为此朱元璋推动北部卫所游牧化，漠南民众除了粮产区不许放牧外，漠南荒闲平地及山场，“听其牧放樵采”。
诸王敢有说是“自己草场山场者，其论非轻”，并叮嘱诸王要长远的牧养，要求军户有自己的牧群。
朱标死后，朱元璋以塞王代替国公。
十三塞王中佼佼者是被誉为“燕王善战，宁王善谋”的燕、宁二王。
朱棣出师即降故元太尉乃儿不花等人，被誉为“肃清沙漠者，燕王也，朕无北顾之忧矣。”
朱权“数会边镇诸侯，出师捕虏，肃清沙漠，威震北荒”，被誉为“一世之雄也。”
洪武末年，朱元璋下旨除郡王外，都是百姓。
明朝伊始，朱元璋实行了发展生产，与民休息的政策。
1368年，外地州县官进京，朱元璋对他们说：“天下初定，老百姓财力困乏，像刚会飞的鸟，不可拔它的羽毛；如同新栽的树，不可动摇它的根，重要的是休养生息”。
朱元璋还鼓励开垦荒地，1370年并下令：北方郡县荒芜田地，不限亩数，全部免三年租税。
他还采取强制手段，把人多地少地区的农民迁往地广人稀的地区；对于垦荒者，由政府供给耕牛、农具和种子；并规定免税三年，所垦之地归垦荒者所有；还规定，农民有田五至十亩的，必须栽种桑、棉、麻各半亩，有田十亩以上者加倍种植。
这些措施大大激发了农民垦荒的积极性。
除了民屯外，明初还有军屯和商屯。
军屯由卫所管理，官府提供耕牛和农具。明军士屯守比例是：边地军队三分守城，七分屯田；内地军队二分守城，八分屯田。军粮基本上自给自足。
商屯是指商人在边境雇人屯田，就地交粮，省去了贩运费用，获利更丰。商屯的实行，解决了军粮问题，同时也开发了边疆。
朱元璋十分重视兴修水利和赈济灾荒。
在即位之初就下令，凡是百姓提出有关水利的建议，地方官吏须及时奏报，否则加以处罚。
到1395年，全国共开塘堰大约处，疏通河流大约4162道。
官绅富户想尽办法偷漏税，在明朝前期已形成风气。
江浙一带的富户为了逃避赋役，想出了许多办法，其中之一就是将名下的财产分割，再假托在别人名下，降低户等，这种方法还有专称，叫“铁脚诡寄”，甚至在当地形成了“通天诡寄”的风俗。
朱元璋自然不会听之任之，除严厉打击外，他下令编造土地簿册——“鱼鳞图册”，按照其税粮多寡，定为几区，每区设粮长四人，让他们集合里甲耆民测量田亩，绘制成图，写上田主的名字及田地之面积与四至，编类为册，由于图上所绘的样子像鱼鳞，故号“鱼鳞图册”。
朱元璋于洪武七年（1374年）立钞法，设宝钞提举司，并于宝钞提举司下设抄纸和印钞二局，宝钞、行用二库。从洪武八年（1375年）起印发纸币“大明通行宝钞”。
面额分一百文、二百文、三百文、四百文、五百文、一贯，计六种。币值每贯等于一千文或白银一两，四贯合黄金一两。
明代印发的“大明通行宝钞”为明代发行的唯一货币。
明初洪武朝全力印造宝钞，表现出一定的盲目性。
洪武十九年之后各项临时支钞迅猛增长，造成了明初的通货膨胀。
明洪武三年（1370年），朱元璋实施“食盐开中”新政，即开中法，将实施千年之久的政府食盐专卖制度网开一面，允许民间商人向边关输送粮食换取食盐经销的许可证“盐引”，大约30斤粮食可换一份“盐引”。
朝廷让利于民，“淮盐价贵，商多趋之”，边防军需难题一举解决。
明初，由于连年战乱，加上疫病流行、河水连连泛滥，中原人口锐减，而山西却未经大战，人口稠密。
河南、河北、山东三省人口相加，还不及山西人口的一半。
中原大地赤野千里，人迹罕见。
为此，朱元璋下决心从山西大规模移民整修河堤、恢复盐场、发展生产，史称“洪武大移民”。
朱元璋从元朝灭亡中看到，除了统治者本身的素质以外，整个社会失于教化也是一个原因。
因此，登基后，就采取措施，兴建学校，选拔学官，并坚持把教育工作作为衡量地方官政绩的重要指标。
洪武三年（1370年），朱元璋下令设科取士，士人参与科举考试必须通过三场的考试，不过写法或偶或散，无定规。
文科考试内容主要局限于四书五经，考试文体通用八股文，虚内容而重形式，因而明代科举制又称八股取士。
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至此，朱元璋这一生基本上介绍完毕。
此刻大明位面处于各个时空的朱元璋看着天幕中介绍的内容，心中有着不同的感悟和想法。
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