虽然要做的是齐天大圣，但倘若只是重走西游，如同堆料般复刻八十一难，未免有些太过无聊了。
既然已经定下了“黑”神话的名头，那么想要表现黑暗主题的话，则是需要另一种解读方法。
在开始讨论剧情之前，文案组把西游记翻了一遍又一遍，再结合各自对西游记、孙悟空的再解读，最终决定，向玩家们讲述一个黑暗的、《西游记》完结之后的故事。
玩家当然不可能操控大圣来经历整个故事，毕竟这个角色做强了没有难度，做弱了玩家不满意。
作为最不好做的大圣，文案组干脆做了一个大胆的决定：大圣身陨。
在大圣死后，玩家要扮演的，是一个个继承了大圣信念的花果山小猴，他们相信大圣的反抗精神永不熄灭，他们也相信大圣的元识不会消散，就算大圣身陨后只剩下了一块石头，只要找回他的力量，大圣就还会重生的。
自此，游戏的主线便已经定下：收集法器，复活大圣。
接下来便是设计剧情的发展节奏。在一边讨论，一边不断的翻阅《西游记》后，他们从书中的第十四回《心猿归正，六贼无踪》中提取线索，六位山贼名叫：眼看喜、耳听怒、鼻嗅爱、舌尝思、身本忧、意见欲，前面六个对应了佛家的六根：眼耳鼻舌身意，后面六个不妨再进行进一步的补充，变为七情：喜、怒、哀、惧、爱、恶、欲。
故事发生在大圣与二郎神又一次大战之后，玩家扮演从花果山出来的一只小猴子，为找寻大圣散落的七情六欲、复活大圣，从而踏上冒险的旅途。
既然故事设定在《西游记》后，那么玩家需要对抗的妖怪也要取自原着中未被打死的妖怪，如：灵虚子、黑熊精、黄风怪、黄袍怪（奎木狼）、金角银角等等，并根据这些构思了十三个地图场景： 黑风山、浮屠塔、黄凤岭、五庄观、白虎岭、宝象国、平顶山、金兜山、女儿国、火焰山、小雷音寺、盘丝岭、狮驼岭，并把七情六欲嵌入其中。
在做好整体设定之后，那么再次回到故事的开头：大圣身陨。
大圣为何身陨？众妖又为何要藏起大圣陨落后的七情六欲？
轮回再生，在《西游记》中便被频繁提到，而在游戏《黑神话悟空》中，便可以作为整个游戏的主旨来用。毕竟从影刃开始，方晨就开始对于玩家的“存档读档”行为，在游戏中进行了一定合理的设置，而不是始终让这个行为游离于故事外，让玩家自己去主观的忽略这个情况。
万物堕入因果、万物轮回再生，身形可灭，但精神不绝。
这既是玩家们不断复活的理由，也是贯穿整个游戏的理念：复活大圣。大圣为了反抗天庭，亲自经历了一次身死魂飞魄散、七情六欲分离，这也给玩家们带来了重走西行路的理由。
如果说玩家重走西游是果，那么大圣身死就是因？
而大圣为何身死？
正是因为他所代表的反抗精神，他不服管教、他蔑视不死，他把天庭、佛国为了追求不死而做出丧心病狂的事情身上唯一的遮羞布，给狠狠扯了下来。
西游记的原着中，对于整个世界观的底层构建并没有太过深度的讨论，但在只言片语之中透露出来妖与仙的区别，便可以让文案组在其中大做文章。
在孙悟空到天庭中将要成为弼马温时，天庭对他的官方称呼是：“妖仙”。虽然本身是妖，但是因为一纸文书，便成了仙。
而在大圣反了之后，又被大家迅速转口称呼其为妖猴。
在这前后大圣本身并没有任何改变，但是为仙还是为妖，其实都只是天庭对其进行的身份定位。
除此之外，还有在黑风山悟空请求菩萨变成狼妖灵虚子取回袈裟时，菩萨笑着说的一段话：“悟空，菩萨妖精，总是一念。若论本来，皆属无有。”
行者心下顿悟，而文案组也从中提取到了西游记里的关键设定：仙与妖在本质上并无区别。
甚至在对其进行进一步的解读后，便诞生了游戏中基础货币的设定：灵蕴。
乾坤孕生灵，生灵育灵蕴。
无所不能，无人不喜，乃三界间的通货。
世间万物皆由灵蕴组成，灵蕴凝华，便生成了魂魄；魂魄凝聚，便形成了生命。
在生命死后，魂魄分离，再度化作灵蕴，返回自然之间。
玩家便可通过吸收其他灵蕴的方式，为自身恢复血量。如同老头环里的蓝瓶血瓶一般，玩家所操控的小猴子，也当拥有它的“瓶子”：葫芦。
葫芦酿酒，饮酒补血补魔，这是水。
丹炉炼丹，吃药加血加攻，这是火。
葫芦和丹药的具体设定交给分支小组继续填写，方晨所在的文案组主干继续推进世界观设定。
从葫芦和丹药的设计可以看出，这个世界的问题在于：神仙吃了能延寿的东西，妖怪也能吃，也同样能延寿。
那么为什么妖怪不吃神仙延寿的宝贝，仙桃仙丹人参果呢？
答案自然也就呼之欲出：妖怪吃不到。
神仙有仙庭，妖怪却没有妖庭。这些所谓仙品，都是仙人为其命名，成为了仙人专供的宝贝。所谓的修成正果，不过是加入天庭，成为其中瓜分这些仙品的一员；而并不是凝聚善念，升华灵魂。
这就是黑神话，黑在哪里？
黑在正果无法解决生灵的不死，世间的资源就那么多，正果可以让任何人都可以加入垄断的一员。
而仙人如果想要延续自己的不死，那么他们就必须要永恒的把握延续不死的资源，以此维护自己的仙位。
长生不老的资源当然有限，自然并非什么人都能够“修成正果”，成仙的人多了，每个仙人不死的资源就少了。
而大圣在发现如此修行的本质后，自然不齿于此，便想着退回花果山，当好自己的齐天大圣。