当费迪南德（Ferdinand）在1520年代掌控波希米亚（bohemian）领土时，其宗教形势相当复杂。
波希米亚的德意志人口由天主教徒和路德教徒组成。
一些捷克人对路德教（Lutheranism）持开放态度，但大多数捷克人信奉领圣参派胡斯主义（Utraquist hussitism），少数人则信奉罗马天主教（Roman catholicism）。
其中，许多领圣餐派教徒倾向于与新教徒结盟。
起初，费迪南德接受了这一现状，并给予了波希米亚领地（bohemian estates）相当大的自由。
然而，到了1540年代，形势发生了变化。
在德意志（Germany），虽然大多数新教诸侯此前支持与皇帝进行谈判，甚至在战争中支持过他，但他们在这一时期变得越来越对抗。
有些甚至与皇帝开战，而许多波希米亚（不论德意志人还是捷克人）新教徒或领圣餐派教徒同情他们的立场。
1547年，费迪南德和他的儿子马克西米利安（maximilian）参与了查理五世（charles V）对德意志新教徒的胜利战役。
同年，他还击败了波希米亚的一场新教起义，在这场起义中，波希米亚的领地和大部分贵族拒绝支持他在德意志的战役。
这使他得以加强自己在该地区的权力。
他集中化了行政管理，撤销了许多城市的特权，并没收了财产。
费迪南德还致力于加强天主教会在波希米亚领土上的地位，并支持耶稣会士（Jesuits）在当地的建立。
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在1550年代，费迪南德（Ferdinand）在帝国舞台上取得了一些关键胜利。
与他的兄弟不同，他反对勃兰登堡-库尔姆巴赫的藩侯阿尔布雷希特·阿尔西比亚德斯（Albert Alcibiades, margrave of brandenburg-Kulmbach），并参与了对他的击败。
这一失败，再加上费迪南德的德意志风格，使他在新教诸侯中比皇帝更受欢迎。
这让他在解决帝国宗教问题上发挥了关键作用。
在德意志诸邦经过几十年的宗教和政治动荡后，查理五世下令在奥格斯堡（Augsburg）召开一次全国性的帝国议会（diet），各个邦国将在会上讨论宗教问题及其解决方案。
查理五世本人没有出席会议，而是授权他的弟弟费迪南德来“处理并解决”领土、宗教和地方权力的争端。
会议于2月5日开幕，费迪南德通过劝说、威胁和引导各代表达成一致，并于9月25日宣布了三项重要原则：
第一项原则是“教随国定”（cuius regio, eius religio），规定一个国家内部的宗教统一。
君主的宗教即为国家和其全体居民的宗教。
那些无法遵从君主宗教的居民被允许离开，这在16世纪是一个创新的概念。
各代表就这一原则进行了广泛讨论，最终在仔细审查问题和提出的解决方案后，对其措辞达成一致。
第二项原则是“教会保留条款”（reservatum ecclesiasticum），涵盖了教会国家的特殊地位。
如果教会国家的主教改变了宗教，居住在该国家的男性和女性不必跟随改变。
相反，主教被期望辞去职务，尽管这一点在协议中并未明确规定。
第三项原则，被称为“费迪南德声明”（declaratio Ferdinandei）。
豁免了骑士和一些城市的宗教统一要求，前提是自1520年代中期以来，改革宗（新教）已经在那里实行。
这允许一些天主教徒和路德教徒共同生活的混合城市和城镇。
它还保护了王公家族、骑士以及一些城市在其领土上决定宗教统一的权力。
费迪南德在最后一刻自主加入了这一条款。
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1555年之后，《奥格斯堡和约》（peace of Augsburg）成为神圣罗马帝国德意志地区规范路德宗与天主教并存的合法文件，并在一定程度上缓解了“旧信仰”（天主教）信徒与路德追随者之间的许多紧张局势。
然而，这份和约有两个根本性的缺陷。
首先，费迪南德（Ferdinand）在辩论中仓促通过了“教会保留条款”（reservatum ecclesiasticum）；该条款并未经过像“教随国定”（cuius regio, eius religio）那样广泛的讨论和接受。
因此，它的措辞并未涵盖所有，甚至大多数可能的法律情形。
而费迪南德声明（declaratio Ferdinandei）根本没有在全体会议上进行辩论。
费迪南德利用他“处理和解决”（\&act and settle\&）的权力在最后一刻添加了这条，回应了王公家族和骑士的游说。
虽然这些具体的缺陷在随后的几十年里困扰了帝国，但或许《奥格斯堡和约》最大的弱点是它未能考虑到所谓福音派和改革宗传统中日益多样化的宗教表达。
在这些年间，其他宗派获得了民众的支持，尽管在法律上不被承认。
到1555年，路德提出的改革已不再是唯一的宗教表达方式：
如弗里斯兰的门诺·西门（menno Simons, 1492–1559）及其追随者的再洗礼派（Anabaptists）；
约翰·加尔文（John calvin）的追随者，他们在德意志西南部和西北部尤为强大；
以及乌尔里希·茨温利（huldrych Zwingli）的追随者都被排除在《奥格斯堡和约》之外。
这些宗派的宗教信仰根据《奥格斯堡和约》，仍被视为异端。
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1556年，在极其隆重的仪式中，查理五世在他最宠爱的随从之一，24岁的沉默的威廉（william the Silent）（威廉一世）的肩膀上依靠着，把他的领土和职位交了出去。
西班牙帝国（Spanish Empire），包括西班牙（Spain）、哈布斯堡尼德兰（habsburg Netherlands）、那不勒斯王国（Kingdom of Naples）、米兰公国（duchy of milan）和西班牙在美洲的殖民地，都交给了他的儿子菲利普（philip）。
费迪南德（Ferdinand）成为奥地利（Austria）的君主，并接替查理成为神圣罗马帝国皇帝（holy Roman Emperor）。
这件事早在1531年1月5日就已确定，当时费迪南德当选为罗马人民的国王（King of the Romans），因此成为现任皇帝的合法继承人。
1536年，费迪南德作为罗马人民国王的纹章（coat of arms of Ferdinand I as King of the Romans），霍夫堡宫（hofburg palace），维也纳（Vienna）。
查理的决定是合适的。
菲利普在文化上属于西班牙：他出生在巴利亚多利德（Valladolid），在西班牙宫廷长大，他的母语是西班牙语，他更愿意住在西班牙。
费迪南德则熟悉神圣罗马帝国的其他王公。
尽管他也出生在西班牙，但自1531年以来，他一直在管理他兄长在帝国的事务。
有些历史学家认为费迪南德也受到了宗教改革思想的影响，可能是神圣罗马帝国最接近新教皇帝的一位。
尽管他一生中名义上是天主教徒，但据说他在临终时拒绝了临终圣礼。
另一些历史学家认为他和他的兄长一样虔诚于天主教，但更倾向于将宗教视为政治之外的事情。
查理的退位对帝国与法国（France）和尼德兰（Netherlands）的外交关系产生了深远影响，尤其是在他将西班牙王国分配给菲利普方面。
在法国，国王及其大臣对哈布斯堡的包围日益感到不安，并从德国边界的领土，甚至一些新教国王中寻找盟友，以对抗哈布斯堡的霸权。
在尼德兰，菲利普在西班牙的继位带来了特别的问题。
为了和谐、秩序和繁荣，查理并没有阻止宗教改革，并容忍了相当程度的地方自治。
菲利普是一位狂热的天主教徒，也是一个严格的专制君主，他对荷兰采取了激进的政治、经济和宗教政策，导致了他登基后不久的荷兰叛乱。
菲利普的军事回应导致哈布斯堡西班牙或其雇佣军占领了上部省份的大片地区，西班牙士兵和物资通过所谓的“西班牙之路”（Spanish Road）从意大利北部，经弗朗什孔泰（Franche-té），往返于法兰德斯（Flanders）。