左右中有人又道：“想不到小小的薏苡竟然能有如此大的威力，能将堂堂的伏波将军害得落到如此下场。”
当初南征交趾时，马援常吃一种叫薏苡的植物果实。这薏苡能治疗筋骨风湿，避除邪风瘴气。
由于当地的薏苡果实硕大，马援班师回京时，就拉了满满一车，准备用来做种子，他却没有想到给洛阳的天子、权贵都分一些，就这样把这一车薏苡运回了家中，
当时人见马援拉了一车东西，以为肯定是南方出产的珍贵稀有之物。
于是洛阳的权贵们都希望能分一点，分不到便纷纷议论，说马援的坏话。
但马援那时正受刘秀宠信，所以没人敢跟皇帝说，去触这个眉头。
但是正如花无百日红一样，人也亦是如此，没有长盛不衰的，马援死后，有人上书说马援曾搜刮了一车珍珠文犀运回。
马武、侯昱等人也上表章，说马援确曾运回过一车珍稀之物。刘秀更加愤怒。
马援的家人不知皇帝为何如此震怒，不知马援究竟身犯何罪，惶惧不安。
马援的尸体运回，不敢埋和原来的坟地，只买了城西几亩地，草草埋葬在那里。
马援的宾朋故旧，也不敢到马家去吊唁，景况十分凄凉。
葬完马援后，马援的侄儿马严和马援的妻子儿女们到朝廷请罪。
刘秀拿出梁松的奏章给他们看，马援夫人知道事情原委后，先后六次向皇帝上书，申诉冤情，言辞凄切。
刘秀这才命令安葬马援。前任云阳令朱勃也上书为马援鸣不平，但刘秀没有同意为马援平反，继续将此事压着，哪怕是马援还替他在称帝的第四年便劝降了不时怀有二心的陇右割据军阀隗嚣，对刘秀崛起初期助力颇多，
可是帝王就是这样，升米恩斗米仇的，根本不会在乎这些，即便是不计较谗言中那一车连存不存在都不知道的珍珠文犀，这在刘秀称帝之初被马援劝来归附、又反复无常、想脚踏两条船的隗嚣之事上便埋下了不满厌恶的隐患，
但那时又处在天下四分五裂、军阀势力割据众多的时局下，平定叛乱便需要像马援这样的人，因此对马援的不满便可以往后放一放的，待到四海平定之时再找个合适的时机再授意朝中的官员发难便可，
在王莽代汉称帝之后的新朝末年，天下大乱，王莽的堂弟王林任卫将军，广招天下豪杰，选拔马援为掾，并把他推荐给王莽，王莽于是任命马援为新城大尹。
更始二年（24年），新朝灭亡，马援和哥哥增山连率马员一起离开了各自的任所，逃至凉州避难。
建武元年（25年），光武帝刘秀建立东汉王朝后，马员到洛阳投奔刘秀。马援则羁留在西州，受到陇右割据势力隗嚣的器重，被任命为绥德将军，参与隗嚣的决策定计。
同年，公孙述在蜀地称帝，隗嚣派马援去探听虚实。马援跟公孙述本是老乡，而且交情很好，马援本以为这次见面定会握手言欢，没想到公孙述却摆起皇帝的架子。
公孙述先陈列卫士，然后才请马援进见，待刚见过礼，又马上让马援出宫，住进宾馆；接着命人给马援制作都布单衣、交让冠。
然后才在宗庙中聚集百官，设宴招待他。席间，公孙述表示要封马援为侯爵，并授予他大将军的官位。
马援的随从宾客以为受到了礼遇，都愿意留下来，马援则认为公孙述只是是装腔作势，不能久留天下士，于是毅然返回陇右，并对隗嚣道：“公孙述井底之蛙，妄自尊大，您不如专意经营东方（刘秀）。”
建武四年（28年），马援携带隗嚣的书信到洛阳，在宣德殿面见刘秀。刘秀道：“你周旋于二帝之间，现在见到你，使人大感惭愧。”
马援道：“当今世道，不只君主选择臣子，臣子也选择君主。臣如今远来，陛下怎么知道我不是刺客奸人？”
刘秀笑道：“你不是刺客，不过是个说客。”
马援道：“天下反反复复，窃取名字的人多如牛毛，现在见到陛下，宽宏大量，与高祖一样，就知道帝王自然有真的了。”
刘秀佩服他的胆识，认为他与众不同。
不久，马援随刘秀南巡，先到黎丘，后转到东海。南巡归来，刘秀又以马援为待诏，日备顾问。马援要回西州时，刘秀派太中大夫来歙持节相送，毕竟要让陇右归附，排场搞大些也是应该的。
马援回来后，隗嚣询问东方的传言和在京师的得失。
马援道：“前次到朝廷，陛下多次接见我，每次与其在宴间谈话，从夜谈到清晨，陛下的才能勇略，不是别人所能匹敌的，且坦白诚恳，无所隐瞒。胸怀阔达而有大节，大抵与高帝（刘邦）相同，而其经学之渊博，处理政事和文章辞辩，在前世无人可比。”
隗嚣又问：“陛下比高帝怎样？”
马援回答：“不如。高帝上天入地，无所不能为；而当今陛下喜爱政事，处理政务能恰如其份，又不喜欢饮酒。”
隗嚣心里不高兴，说：“像你这样说，陛下倒胜过高帝了。”话虽如此说，隗嚣到底还是相信马援。他同意归汉，派长子隗恂到洛阳去做人质。
马援携家属随隗恂到洛阳，数月都没有被任命职务。他发现三辅地区土地肥沃，原野宽广，而自己带来的宾客又不少，于是便上书刘秀，请求率领宾客到上林苑去屯田。光武帝答应了他的请求。
此时，隗嚣听信了部将王元的挑拨，想占据陇西，称王称霸，因而对汉朝存有二心，处事狐疑。
马援见状，多次写信，好意相劝。
隗嚣怨恨马援，认为他背离自己，见到信后愈发恼火，后来竟起兵抗拒朝廷。
马援上书刘秀，陈述消灭隗嚣的计策。
刘秀采纳马援的计策，令他率突骑五千，游说隗嚣的将领高峻、任禹等人以及羌豪，陈述利害祸福，分化瓦解隗嚣集团。
马援又写信给隗嚣部将杨广，陈说利害，希望他能归附汉朝并劝谏隗嚣悬崖勒马，杨广没有答复。
建武八年（32年），刘秀亲征隗嚣。
军队行进到漆县，不少将领认为前途情况不明，胜负难卜，不宜深入险阻，刘秀也犹豫不定，难下决心，正好马援奉命赶来。
刘秀连夜接见，并将将领们的意见告诉马援，征询他的意见。
于是，马援说出了自己的看法，他认为隗嚣的将领已有分崩离析之势，如果乘机进攻，定获全胜。
说着，他命人取些米来，当下在光武帝面前用米堆成山谷沟壑等地形地物，然后指点山川形势，标示各路部队进退往来的道路，其中曲折深隐，无不毕现，对战局的分析也透彻明白。刘秀大喜道：“敌虏已在我眼中了。”
遂决意进军，第二天，光武帝挥军直进，抵达高平第一城。
当时，凉州牧窦融率河西五郡（指敦煌、酒泉、张掖、武威、金城）太守及羌、小月氏等步骑数万、辎重车五千辆与刘秀会合，分数路攻陇。
隗嚣大将十三人及部众十万余人不战而降，隗嚣逃至西城，援陇蜀军李育、田弇逃至上邽。
汉军占领了天水的16座属县，刘秀派吴汉、岑彭围西城，派耿彝围上邽，至此，隗嚣军主力基本上被汉军消灭，
若是没有马援这个之前在隗嚣麾下担任绥德将军、颇受器重之人刘秀身旁，那刘秀平定陇右兴许也没有这么大的胜算。
聂有回忆起他以前在史书上看到的这些，感慨道：“马援将军如此尽心尽力的帮刘秀，可最后却落得个如此下场，正如陛下对陆伯言陆都督那般，
即便是陆都督为陛下立下取荆州、在夷陵大破蜀军，解了吾国的灭顶之灾，可还是落得个愤恚致卒的下场，哎，自古以来君心皆是难测啊！”